Algumas vezes pode acontecer do Onedrive se perder durante a sincronização dos arquivos, principalmente se os arquivos são alterados com muita frequência e é a primeira sincronização do Onedrive Sync. Neste caso o mais indicado é realizar a limpeza do cache do Onedrive e reinicar a sincronização do sync.

Para fazer a limpeza, apague os arquivos das seguintes pastas:

C:\Users\%USERNAME%\AppData\Local\Microsoft\Office\15.0\OfficeFileCache


C:\Users\%USERNAME%\Appdata\Local\Microsoft\Office\Spw


Após este procedimento, sincronize o Onedrive novamente.